继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。...

机长弗兰克（丹尼斯·奎德 Dennis Quaid 饰）与飞机打交道多年，这次他将负责一架“凤凰号”货机，运送一批石油工人和物资到北京去。然而令他意想不到的是，飞机在途中遇到了风暴，弗兰克不得不迫降在荒无人烟的内蒙古戈壁滩上。幸好死伤人员并不多，然而他们的储备水却只够维持一个月的使用，但在一个月内能等到救援的可能性有如买彩票。饥饿和慌张中，幸存者间开始了各种意见分歧与争吵。最后一名自称是飞机设计师...

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹...

西西莉亚（伊丽莎白·莫斯 Elisabeth Moss 饰）再也想不到，曾经将自己迷得神魂颠倒的英俊男人阿德里安（奥利弗·杰森-科恩 Oliver Jackson-Cohen 饰），如今会成为噩梦的始作俑者。在和自己恋爱后没多久，阿德里安便开始对西西莉亚进行精神和肉体上的双重控制，终于，忍无可忍的西西莉亚在一天深夜用安定将阿德里安迷晕，成功的逃出了魔窟。　　之后，西西莉亚震惊的收到了阿德里安自杀...